Hoy tenía que comparar dos directorios archivo por archivo, así que escribi este pequeño shell script que se explica por si mismo:

#! /bin/bash
#
# cmpdir - juanayup@gmail.com, 2007, GPLv2
#
# cmpdir <dir1> <dir2>
[ -z "$2" ] && { echo "Usage: $SELF <dir1> <dir2>"; exit 0; }
SRC="$1"
DST="$2"
(cd "$SRC";find -type f)|while read i;do cmp "$SRC/$i" "$DST/$i"; done